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Unter die Genehmigungstatbestände fallen:

• Planfeststellung, Plangenehmigung
• Unternehmensgenehmigung nach § 6 Allgemeines Eisenbahngesetz (AEG) für das Erbringen von Eisenbahnverkehrsdiensten, das Betreiben einer Eisenbahninfrastruktur oder zur selbständigen Teilnahme am Eisenbahnverkehr mit Eisenbahnfahrzeugen
• Erlaubnis zur Betriebseröffnung
• Bestätigung der Bestellung von Eisenbahnbetriebsleitern

Zuständige Behörde für Unternehmensgenehmigungen nach § 6 AEG ist das Bayerische Staatsministerium für Wohnen, Bau und Verkehr. Im Übrigen sind die Regierungen von Mittelfranken (für Eisenbahnen mit Sitz in Mittelfranken, Oberfranken, der Oberpfalz oder Unterfranken) oder die Regierung von Oberbayern (für Eisenbahnen mit Sitz in Niederbayern, Oberbayern oder Schwaben) für Erlaubnisse und die laufende Überwachung (Eisenbahnaufsicht) zuständig, ebenso für Planfeststellungsverfahren.