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Bürger können vor den Finanzgerichten gegen Maßnahmen der Finanzbehörden klagen, die in Steuer- und in Zollsachen ergehen. Die Klageschrift muss den Kläger, den Beklagten (z. B. das Finanzamt), den Gegenstand des Klagebegehrens, den Bescheid des Finanzamtes, der angegriffen wird sowie die Einspruchsentscheidung bezeichnen. Der Kläger muss deutlich machen, welche Entscheidung er vom Finanzgericht erwartet. Die Klageschrift muss eigenhändig unterzeichnet sein. Wenn die Klage elektronisch erhoben wird, sollte das entsprechende Dokument/die Datei mit einer qualifizierten elektronischen Signatur der verantwortenden Person versehen werden, damit die Schriftlichkeit (vgl. § 126a Bürgerliches Gesetzbuch) gewahrt ist.

Das Gericht prüft, ob der Kläger alle Formalitäten erfüllt hat und ob sein Klagebegehren berechtigt ist. Das Gericht ist dabei nicht daran gebunden, was vom Kläger oder dem Finanzamt vorgetragen wird. Es ermittelt vielmehr alle Fakten von Amts wegen. Den Beteiligten wird rechtliches Gehör gewährt. Kläger und beklagtes Finanzamt erhalten Gelegenheit, sich zu allen Punkten, die zur Grundlage der gerichtlichen Entscheidung gemacht werden sollen, zu äußern. Hat der Kläger alle Formalien beachtet und ist das Klagebegehren berechtigt, gibt das Gericht der Klage statt.

Vor dem Finanzgericht kann jeder seine Sache selbst vertreten. Es kann aber auch ein Rechtsanwalt, ein Steuerberater oder ein Wirtschaftsprüfer beauftragt werden.

Gegen die Urteile des Finanzgerichtes gibt es wegen des nur zweistufigen Gerichtsaufbaus der deutschen Finanzgerichtsbarkeit als einzig zulässiges Rechtsmittel die Revision zum Bundesfinanzhof.